PROTOTYPE 2 ismertető 14 hónappal járunk az első Prototype eseményei után, amikor is New York területén karantént rendeltek el. A várost három zónára osztották, amiből a vörös területén, Manhattan szigeten található a vírustámadás áldozatai és a legveszélyesebb ellenfél: Alex Mercer. A folytatás viszont új főszereplőt kapott: a játékos James Heller szerepét veszi át, aki az első rész ideje alatt a Közel-Keleten teljesített szolgálatot. Ott vette hírül, hogy a fertőzés kitörésekor odalett a családja. A katona bosszút esküdött, és mindenáron el akarta pusztítani Mercert - de az események máshogy alakultak. Minden sci-fi akciójáték kedvelőnek ott a helye a polcán, természetesen szorosan az első rész mellett!